NIPTの費用相場はいくら？認証施設と認証外の違い・保険や医療費控除

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2026年11月6日

「NIPTを受けたいけれど、費用はいくらくらいかかるの？」「保険や医療費控除は使えるのかな」と気になっていませんか。NIPT（新型出生前診断）は施設によって料金が大きく違うため、相場がわかりにくい検査です。

この記事では、NIPTの費用相場を、認証施設と認証外施設に分けてわかりやすくまとめます。保険や医療費控除が使えるかどうか、陽性だった場合にかかる費用、費用を抑える方法もあわせて紹介します。

先に結論をお伝えすると、NIPTの費用の目安は次のとおりです。

施設の種類	費用の目安（税込）	主な特徴
認証施設（大学病院など）	約10万〜20万円	13・18・21トリソミーを調べる。遺伝カウンセリングが必須
認証外施設（項目を絞ったプラン）	6万円台〜	21トリソミーだけなど、調べる項目を絞って安くしている
認証外施設（性別・全染色体などを含むプラン）	13万円台〜30万円ほど	性別や性染色体、全染色体、微小欠失まで調べられる

NIPTは健康保険が使えず、医療費控除の対象にもなりません。料金だけで比べるのではなく、陽性だったときの確定検査の費用まで含まれているかどうかを確かめるのが、後悔しない選び方のポイントです。

性別判定つきで132,000円（税込）から受けられ、陽性時の確定検査の費用も全額負担しているのが、青山ラジュボークリニックです。

ラジュボークリニックのNIPTの詳細・予約はこちら

NIPTの費用相場

NIPTの費用は、どの施設で受けるか、どこまで調べるかで大きく変わります。まずは施設の種類ごとの相場を見ていきましょう。

認証施設は約10万〜20万円

日本医学会の出生前検査認証制度で認証を受けた施設（大学病院や総合病院など）では、13・18・21トリソミーの3つを調べるNIPTを行っています。当サイトで各都道府県の認証施設を調べた範囲では、費用はおおむね10万〜20万円でした。

認証施設では、検査の前後に遺伝カウンセリングを受けることが必須で、カウンセリングの料金が検査費用に含まれているか、別にかかるかは施設によって違います。また、陽性だった場合に、同じ病院で確定検査まで受けられることが多いのも特徴です。費用は施設ごとに大きく違うため、お住まいの地域の認証施設の料金は、当サイトの都道府県別の記事で確かめてください。

認証外施設は6万円台〜30万円ほど

認証を受けていない認証外施設では、施設ごとに独自のプランを用意していて、費用の幅が広くなっています。たとえばヒロクリニックでは、21トリソミーだけを調べる場合は66,000円、13・18・21トリソミーの3つを調べる場合は99,000円（いずれも税込）です。

一方で、性別や性染色体、すべての染色体、微小欠失まで調べるプランは高くなり、平石クリニックのいちばん広いプランは297,000円（税込）です。同じ認証外施設でも、どのプランを選ぶかで費用が3〜4倍違うこともあります。

参考：NIPT（新型出生前診断）（ヒロクリニック）

調べる範囲が広いほど高くなる

NIPTの費用を比べるときは、「どこまで調べるプランなのか」をそろえることが大切です。調べる範囲は、おおむね次のように広がっていき、範囲が広いほど費用も高くなります。

21トリソミー（ダウン症候群）だけ
13・18・21トリソミーの3つ
上の3つに加えて、性染色体と性別
上に加えて、1〜22番すべての染色体
上に加えて、微小欠失症候群

「6万円台の施設」と「13万円台の施設」を比べても、調べる範囲が違えば単純には比べられません。料金表を見るときは、プランの中身まで確かめておきましょう。

表示の料金に含まれるもの・含まれないもの

NIPTの料金表に書かれている金額だけで、すべての費用がまかなえるとは限りません。申し込む前に、次のような費用が含まれているかを確かめておくと安心です。

費用の種類	確かめたいこと
遺伝カウンセリング・初診料	検査費用とは別にかかるか
性別の判定	プランに含まれるか、追加料金か
判定保留のときの再検査	無料か、もう一度費用がかかるか
陽性のときの確定検査	施設が負担してくれるか、自己負担か
キャンセル料	予約の変更や取り消しに費用がかかるか

たとえば平石クリニックと青山ラジュボークリニックは、どちらも性別の判定がすべてのプランに含まれ、再検査とキャンセル料（採血前）は無料です。陽性だった場合の確定検査の費用も、どちらも全額負担しています。こうした費用が別にかかる施設と比べると、表示の料金が高くても、トータルでは差が小さくなることがあります。

保険や医療費控除は使える？

NIPTは高額な検査なので、保険や税金の控除が使えるかどうかも気になるところです。

健康保険は使えない

NIPTは病気の治療ではなく、自分で受けるかどうかを選ぶ検査のため、自由診療になります。健康保険は使えず、費用は全額自己負担です。これは認証施設でも認証外施設でも変わりません。

医療費控除の対象にもならない

1年間の医療費が一定額を超えると受けられる医療費控除も、NIPTの費用は対象になりません。国税庁の質疑応答事例でも、母体血を用いた出生前遺伝学的検査の費用は、医療費控除の対象にならないと説明されています。

妊婦健診や出産の費用の一部は医療費控除の対象になることがありますが、NIPTの費用は合算できない点に気をつけましょう。

参考：母体血を用いた出生前遺伝学的検査の費用（国税庁）

自治体の助成はお住まいの窓口で確かめる

NIPTの費用は、妊婦健診の受診票で公費負担される検査には含まれていないのが一般的です。自治体によって独自の支援があるかどうかは異なるため、気になる方は、お住まいの市区町村の母子保健の窓口で確かめてみてください。

確定検査（羊水検査）の費用も考えておく

NIPTは確定診断ではないため、陽性の結果が出たときは、羊水検査や絨毛検査などの確定検査で確かめることがすすめられています。この確定検査も自由診療で、施設によっては10万円を超える費用がかかります。

羊水検査は、お腹に細い針を刺して羊水を取り、赤ちゃんの細胞の染色体を調べる検査で、妊娠15週以降に行われることが多く、結果が出るまでに2〜3週間かかります。NIPTの結果を受けてから確定検査を終えるまでには、ある程度の時間と費用がかかると考えておきましょう。

つまり、NIPTの費用を考えるときは、「検査の料金」に加えて「陽性だった場合の確定検査の費用」まで考えておく必要があります。最初の料金が安くても、確定検査の費用が自己負担だと、もしものときの出費は大きくなります。

参考：NIPT（母体血を用いた出生前遺伝学的検査）の説明資料（水戸済生会総合病院）

認証外施設の中には、陽性だった場合の確定検査の費用を負担してくれる施設があります。施設を比べるときは、この保証があるかどうかも必ず確かめておきましょう。

NIPTで陽性だった場合どうする？確定診断（羊水検査）の費用やその後の流れ

NIPTの費用を抑える方法

NIPTの費用をできるだけ抑えたいときは、次の方法があります。

調べる範囲を決めてから選ぶ：本当に知りたい範囲を夫婦で話し合い、必要以上に広いプランを選ばない
手数料のかからない分割払いを使う：一度に払うのが難しいときは、金利・手数料がかからない分割払いのある施設を選ぶ
再検査や確定検査の費用を確かめる：あとから追加の費用がかからない施設を選ぶ
近くの提携院で受ける：遠くの本院まで行かず、交通費を抑える

平石クリニックと青山ラジュボークリニックは、どちらも10回までの分割払いに金利・手数料がかかりません。10回払いにすると、ラジュボークリニックのAプランは1回13,200円、平石クリニックの基本検査は1回19,800円です。

どこまで調べるかで迷うときは、認定遺伝カウンセラーに相談するのもおすすめです。2院とも、検査の前に無料で相談できます。

予算別に見るNIPTの選び方

「いくらまでなら出せるか」から考えると、選べる施設やプランが見えてきます。予算ごとの目安をまとめました。

予算の目安（税込）	選べることが多い検査	考えておきたいこと
10万円以内	認証外施設の項目を絞ったプラン（21トリソミーだけ、3つのトリソミーなど）	性別や性染色体は調べられないことが多い。確定検査の費用が含まれるか確かめる
10万〜15万円	認証施設の基本検査、認証外施設の性別つきプラン	認証施設は年齢や夫婦同伴などの条件を確かめる
15万〜20万円	全染色体や微小欠失まで含む認証外施設のプラン	調べる範囲が広いほど、結果の受け止め方も事前に考えておく
20万円以上	6週からの早期検査や、微小欠失を詳しく調べるプラン	早く受けたい理由や、知りたい範囲がはっきりしているか

予算の中で迷ったときは、「何を知りたいか」と「もしものときにどこまで支えてほしいか」の2つを基準にすると選びやすくなります。調べる範囲を広げるほど費用は上がりますが、知りたいことがはっきりしていないなら、まずは基本的な範囲から考えるのも一つの方法です。

費用と内容で見る主なクリニック

当サイトで紹介している認証外のクリニックを、費用と内容で比べると次のようになります。

クリニック	費用（税込）	主な特徴
青山ラジュボークリニック	132,000円〜187,000円	性別・性染色体つき。微小欠失まで187,000円。確定検査の費用を全額負担
平石クリニック	198,000円〜297,000円	性別・性染色体つき。妊娠6週から、1回分の費用で2回。確定検査の費用を全額負担
項目を絞った施設（例：ヒロクリニック）	66,000円〜	21トリソミーだけなど、調べる項目を絞ったプランがある

費用を抑えて性別まで調べたいならラジュボークリニック

青山ラジュボークリニックは、性別と性染色体まで調べられるAプランが132,000円、微小欠失まで調べられるCプランが187,000円です。陽性だった場合の確定検査の費用も全額負担していて、検査は国内の衛生検査所で行われています。来院から採血までは15〜30分ほどで、土日祝も検査を受けられます。

ラジュボークリニックのNIPTの口コミ・評判は？費用・検査会社・提携院まで解説

ラジュボークリニックのNIPTを予約する（公式サイト）

早く受けたい・2回確かめたいなら平石クリニック

平石クリニックは、基本検査が198,000円からと高めですが、妊娠6週から受けられ、1回分の費用で9週以降にもう一度検査を受けられます。全国103院の提携院があり、近くで受けやすいのも特徴です。

平石クリニックのNIPTの口コミ・評判は？費用や結果の日数、提携院まで解説

平石クリニックのNIPTを予約する（公式サイト）

2院の費用や受けられる時期の違いは、次の記事でくわしく比べています。

NIPTクリニック比較｜平石とラジュボーの費用・週数・保証の違い

NIPTの費用でよくある質問

性別を知るには追加の費用がかかりますか？

施設によって違います。平石クリニックと青山ラジュボークリニックは、すべてのプランに性別の判定が含まれているため、追加の費用はかかりません。認証施設では、性別を知らせることは行っていません。

支払いはいつ、どうやってしますか？

支払いの時期や方法は施設によって違うため、予約のときに確かめておきましょう。たとえば青山ラジュボークリニックは、クレジットカードか現金で、採血する医療機関の決済方法に合わせる形です。分割払いを使いたい方は、予約のときに伝えておくとスムーズです。

安い施設を選ぶときに気をつけることは？

料金が安い施設を選ぶときは、調べる範囲と、陽性だったときの対応を確かめておきましょう。項目を絞ったプランは、性別や性染色体を調べないことが多く、あとから追加できない場合もあります。また、確定検査の費用が自己負担になるかどうか、結果について相談できる窓口があるかどうかも、施設によって違います。

NIPTを認可外施設で受けて後悔しないために｜失敗しない選び方と確認ポイント

夫婦で相談する時間がなくても受けられますか？

認証施設では、検査の前に夫婦そろって遺伝カウンセリングを受けることが条件になっていることがあります。認証外施設の多くは夫婦同伴が不要で、平石クリニックと青山ラジュボークリニックも一人で受けられます。ただし、費用や結果の受け止め方は家族にも関わることなので、申し込む前に夫婦で話し合っておくと安心です。